SEMINÁŘ O SOFTWARU PRO GEOFYZIKY
aneb Jednoocí slepým

Seminář pro poskytování povědomí, náhledu a inspirace ve světě softwaru

Výbava operačních systémů, skriptovací jazyky, prostředí pro vědeckotechnické výpočty, překladače a knihovny, paralelizace zdrojových kódů, systémy pro přípravu odborných textů, grafické a vizualizační systémy, tvorba webových stránek, práce se zvukem a obrazem

V zimním semestru 2014/2015 seminář neprobíhá.

Program na léto 2013/2014

26. 2. Two-phase flow modelling in FEniCS (K. Kalousová, O. Souček)
 
5. 3. Analýza přesnosti metod řešení evolučních rovnic (V. Patočka)
poznámky (obhajoba diplomové práce) PDF
12. 3. Comsol 4+ revisited − konverze z 3.5a a zpětná kompatibilita (O. Souček)
 
19. 3. GMT verze 5: API pro C a Fortran (L. Hanyk)
 
26. 3. Skriptování v Linuxu a Windows (L. Hanyk)
poznámky PDF (pracovní verze), poznámky a ukázky z roku 2007 (více odkazů níže) PDF ZIP
2. 4. ObsPy: seismologie v Pythonu (J. Vackář a Ľ. Valentová)
poznámky PDF a zdroje ZIP J. Vackáře, poznámky PDF a zdroje ZIP L. Valentové
9. 4. Comsol a Matlab − Deformace elastické slupky proměnné tloušťky (O. Souček)
 
16. 4. GraphReader − software pro odečítání hodnot z grafů (M. Čížek): poznámky PDF, software v mailu matky z 15. 5.
Sphinx: dokumentační balíček (L. Hanyk): poznámky HTML a PDF, zdrojový text ZIP
23. 4. Comsol − Geophysics module.
Quasi-static EM induction problem − "A" formulation
(O. Souček)
30. 4. Série drobtů (kolektiv přítomných)
Advanced Solver for Problems in Earth's ConvecTion (O. Souček): odkazy ASPECT a deal.II
Algebraic multigrid (O. Souček): odkazy K. Stüben 1999 PDF PDF, I. Yavneh 2006 PDF, R. D. Falgout 2010 PDF
Ukázky ParaView (K. Kalousová)
Poznámka k podprogramu DIVPAG knihovny IMSL (V. Patočka)
7. 5. Algebraické solvery PARDISO, UMFPACK a BoomerAMG jako fortranské operátory (L. Hanyk)
ukázky x=A .pardiso. b ZIP, x=A .umfpack. b ZIP, x=A .BoomerAMG. b ZIP
14. 5. rektorský den
 
21. 5. Výpočetní koprocesor Intel Xeon Phi (L. Hanyk)
seminář odložen

Program na zimu 2013/2014

9. 10. CDF − abstraktní ukládání konkrétních dat (J. Velímský)
home, ukázky ZIP
16. 10. Generátor sítí Gmsh (O. Souček)
poznámky PDF, ukázky ZIP
23. 10. děkanský den
30. 10. Co je nového: Fortran 2003, Fortran 2008, ParaView (L. Hanyk)
objektová verze LU podle Numerical Recipes ve Fortranu ZIP, poznámky k Fortranu 2008 PDF
Fortran 2003 status HTML, Fortran 2008 status HTML, ParaView release notes
6. 11. OpenACC direktivy pro GPU: další dojmy (L. Hanyk)
 
13. 11. překryv s geodynamickým seminářem M. Kuchty a M. Mortensena
 
20. 11. ALE method in FEniCS (J. Blechta)
 
27. 11. seminář odložen
4. 12. Plasticity in FEniCS (P. Minakowski)
poznámky PDF, ukázky ZIP
18. 12. seminář odložen
8. 1. FEniCS: co je nového v 1.3.0, více o meshingu, debugging a další (J. Blechta)
ukázky ZIP

Program na léto 2012/2013

27. 2. Počítačový klastr katedry: stav 2013 (L. Hanyk)
poznámky PDF, přehled počítačů v klastru PDF
6. 3. COMSOL Multiphysics: co je nového (O. Souček)
home
13. 3. dygraphs: webová vizualizační knihovna (J. Velímský)
home
20. 3. Inkscape: vektorový grafický editor (P. Maierová)
poznámky PDF, příklad SVG, home
27. 3. seminář odpadl
3. 4. Elmer/Ice package (O. Souček)
poznámky PDF
10. 4. Skriptování v Pythonu (L. Hanyk)
poznámky PDF, skript ZIP, home python.org a python.cz
17. 4. Balíčky v Pythonu: NumPy, SciPy a Matplotlib (L. Hanyk)
poznámky o seminář výše, home numpy.org a scipy.org
24. 4. Fortran na GPU: knihovny, CUDA Fortran, OpenACC direktivy (H. Šustková, E. Zábranová a L. Hanyk)
poznámky PDF, ukázky ZIP, PGI CUDA Fortran PDF a specifikace OpenACC openacc.org
15. 5. FEniCS (O. Souček)
22. 5. FEniCS (O. Souček)

V zimním semestru 2012/2013 seminář neprobíhal.

Program na léto 2011/2012

22. 2. Interoperabilita Fortranu a C (L. Hanyk)
poznámky PDF a ukázky ZIP
29. 2. rektorské volno
7.−14. 3. Vizualizační program ParaView (P. Maierová, L. Hanyk)
poznámky PDF a data a programy www
21. 3. Možnosti webových aplikací a základy jejich tvorby (J. Vackář)
poznámky www
28. 3. A brief introduction to fluid-structure interaction (O. Souček)
poznámky PDF
4. 4. Lineární algebra v softwarových knihovnách (L. Hanyk)
poznámky PDF, ukázky volání se objeví později
11. 4. Fluid-structure interaction − pokračování (O. Souček)
poznámky PDF, ukázka ZIP
18. 4. Monolithic solver for fluid-structure interaction problems (J. Hron)
25. 4. Numerické metody z mé diplomové práce (D. Einšpigel)
poznámky PDF
2.−9. 5. Termodynamicky kompatibilní viskoelastické modely rychlostního typu (K. Tůma)
poznámky PDF
16. 5. rektorský den
23. 5. ALE formulace TD kompatibilního modelu ve válcových souřadnicích (K. Tůma)
poznámky PDF

Program na zimu 2011/2012

12. 10. Feuersteinovo instrumentální obohacování: zásady zprostředkovaného učení (H. Čížková)
Část první: uspořádání bodů PDF
Feuerstein HTML, Who we are HTML, teorie a instrumenty HTML
19. 10. Feuersteinovo instrumentální obohacování: výzkum efektivity programu (H. Čížková)
Část druhá: uspořádání bodů II PDF
26. 10. Feuersteinovo instrumentální obohacování (H. Čížková)
Část třetí: uspořádání bodů III
2. 11. Feuersteinovo instrumentální obohacování (H. Čížková)
Část čtvrtá: uspořádání bodů IV
9. 11. Feuersteinovo instrumentální obohacování (H. Čížková)
Část pátá: uspořádání bodů V
16. 11. Data: You will be assimilated: volné převyprávění přednášky A. Fourniera z "I Magnet Brazil" (J. Velímský)
Data assimilation notes HTML
23. 11. Feuersteinovo instrumentální obohacování (H. Čížková)
Část šestá: uspořádání bodů VI
30. 11. Feuersteinovo instrumentální obohacování (H. Čížková)
Část sedmá: uspořádání bodů VII
7. 12. Essentially non-oscillatory (W)ENO and other TVD numerical schemes (O. Souček, K. Kalousová)
poznámky na vyžádání
14. 12. FEniCS − very short introduction (J. Hron, MÚ UK, a M. Kuchta)
Poznámky PDF a ukázky ZIP (J. H.), ukázky ZIP (M. K.), FEniCS home HTML
4. 1. Feuersteinovo instrumentální obohacování (H. Čížková)
Část osmá: uspořádání bodů VIII

Program na léto 2010/2011

7. 3. GPU a CUDA Fortran: Lorenzův atraktor (L. Hanyk)
poznámky Solving PDEs with PGI CUDA Fortran HTML
14. 3. GPU a CUDA Fortran: vedení tepla v 1D (L. Hanyk)
poznámky Solving PDEs with PGI CUDA Fortran HTML
21. 3. seminář se nekonal
28. 3. CitcomS: nástroj na modelování konvekce v zemském plášti (O. Šrámek)
poznámky PDF, technické poznámky PDF
4. 4. Metoda nekonečných elementů (J. Velímský)
11. 4. GPU a CUDA Fortran: vedení tepla ve 2D (L. Hanyk)
poznámky Solving PDEs with PGI CUDA Fortran HTML
18. 4. GPU a CUDA Fortran: vedení tepla ve 3D (L. Hanyk)
poznámky Solving PDEs with PGI CUDA Fortran HTML
25. 4. Velikonoční pondělí
2. 5. ALE (Arbitrary Lagrangian-Eulerian) metoda (P. Maierová)
poznámky PDF, příklady ZIP
9. 5. Pseudospektrální metody (E. Zábranová)
poznámky PDF
16. 5. Generátor sítě Gmsh a knihovna NUDG++ (M. Čochner)
poznámky PDF

V zimním semestru 2010/2011 seminář neprobíhal.

Program na léto 2009/2010

4. 3. Objektově orientovaný Fortran (L. Hanyk)
poznámky PDF, příklady z poznámek ZIP a semináře ZIP
odkazy: gfortran download HTML 1 2 EXE, Fortran 2003 status HTML
11. 3. Amira: přehled postupů (L. Hanyk)
18. 3. Linux: návody pro radost i užitek (M. Běhounková, J. Velímský, L. Hanyk)
ukázky ZIP, odkazy: SSHFS HTML, make HTML, mplayer HTML, mencoder HTML
25. 3. Elmer: elastická deformace slupky proměnné tloušťky (2d axi) (K. Kalousová)
1. 4. Elmer: implementace křehké deformace (P. Maierová)
poznámky PDF, rovnice PDF a ukázková data ZIP
8. 4. Antigona: vazba mezi plášťovou konvekcí a slapovým zahříváním (M. Běhounková)
OpenDX: 3D vizualizace téhož (M. Běhounková)
ukázková data ZIP a odkaz na IBM HTML
15. 4. GPU Computing: motivace a přehled pojmů (L. Hanyk) PDF
22. 4. GPU Computing: PGI akcelerátor (L. Hanyk) PDF
29. 4. GPU Computing: PGI CUDA Fortran (L. Hanyk) PDF ZIP
Knihovny CULA (GPU-accelerated LAPACK), CUBLAS a CUFFT (J. Velímský)
příklady s CULA ZIP, odkazy: CUDA HTML, CULA HTML, CUFFT HTML 1 2
6. 5. neobsazeno (konflikt s EGU)
13. 5. GESTIKULATOR − generátor sítě tetrahedronů na kouli (J. Velímský) PDF TGZ
Jak na příušnice: MUMPS aneb MUltifrontal Massively Parallel sparse direct Solver (J. Velímský) HTML
20. 5. DISLIN: programování GUI ve Fortranu (V. Havlíček)
prezentace PDF, příklady ZIP

V zimním semestru 2009/2010 seminář neprobíhal.

Program na léto 2008/2009

30. 4. Implementace markerů v Elmeru (P. Maierová)
průvodní text a popis archivů PDF, archivy markers.zip a markers-parallel
... přehled ostatních seminářů nezkompletován

Program na zimu 2008/2009

9. 10. Elmer − úvod (O. Souček) PDF
odkazy: Elmer home HTML
16. 10. Relaxace kráteru − formulace úlohy (P. Maierová) PDF
Začínáme s ElmerGUI (O. Souček) PDF
23. 10. Relaxace kráteru a viskózní tečení (O. Souček) PDF
30. 10. Vlastní kmity zvonu − základní pojmy (E. Zábranová) PDF
Paralelizace v Elmeru a vlastní kmity zvonu (O. Souček) PDF
6. 11. nahrazeno zdvojnásobením délky předchozího semináře
... přehled následujících seminářů nezkompletován

Program na léto 2007/2008

3. 3. GMT (Generic Mapping Tools): loňské a předloňské domácí úkoly (L. Hanyk)
10. 3. GMT (Generic Mapping Tools): druhý pokus (L. Hanyk)
J. V.: zadání loňských úkolů TXT
L. H.: poznámky k užití GMT PDF (rozpracováno)
odkazy: GMT home HTML
2. 4. Intel Fortran Compiler, Intel Math Kernel Library a OpenMP (F. Gallovič, L. Hanyk)
L. H.: ifort (nastavení překladače) a MKL (maticové násobení, LU rozklad, paralelizace a benchmarky) PDF, skripty a zdrojové kódy ZIP
F. G.: katedrální klastr, OpenMP a MPI HTML
M. B.: karlovský klastr – odkazy a doporučení TXT
odkazy: ifort a dokumentace, MKL a dokumentace, přehled výpočetních strojů katedry PDF
7. 4. Více MKL a OpenMP (L. Hanyk)
L. H.: OpenMP PDF, zdrojový kód ZIP
odkazy: OpenMP API Specification 2.5 PDF, tutorial OpenMP HTML, OpenMP in gfortran HTML, Common Mistakes in OpenMP PDF
14. 4. Více OpenMP a MPI (F. Gallovič, L. Hanyk)
odkazy: kurz Paralelní algoritmy HTML, tutorial Multiprocessing by Message Passing MPI HTML, course notes Intro to MPI HTML
28. 4. FEM peň (O. Souček)
O. S.: modelování v COMSOL Multiphysics PDF
odkazy: COMSOL Multiphysics home HTML
5. 5. Pedagogika, didaktika, psychologie – ať už je to cokoliv (P. Maierová)
P. M.: průvodní text a vyhodnocení testů PHP
12. 5. MKL znova a ne naposledy (L. Hanyk)
L. H.: MKL a lineární solvery PARDISO, CG a FGMRES PDF
odkazy: PARDISO home HTML, User Guide PDF, solvery v MKL HTML
19. 5. Elmer? Paralelně? ! (O. Souček)
O. S.: průvodní text PDF
odkazy: Elmer home HTML, dokumentace HTML a overview PDF, Elmer/Ice Course HTML a ZIP

V zimním semestru 2007/2008 seminář neprobíhal.

Program na léto 2006/2007

1. TeX & Co. (J. Velímský)
J. V.: nástroje, čeština, fonty a balíčky HTML
2. Emulace v Linuxu: Cygwin, tunelování (J. Burjánek), Wine a WMware (J. Velímský)
J. B.: co je a není Cygwin PDF, tunelování (nastavení PuTTY a browseru) PDF
odkazy: Cygwin, Wine a CrossOver, VMware
3. Skriptování ve Windows (L. Hanyk) a Linuxu (J. Velímský)
L. H.: cmd.exe – konfigurace, syntaxe, proměnné, podmínky, cykly a podprogramy PDF, ukázky ZIP
odkazy: cmd.exe command-line reference, bash home, reference manual, advanced scripting guide
4. Awk (J. Velímský, L. Hanyk)
odkazy: wikipedia a test
5. Bagrování v Neveklově (foto)
6. Konečné prvky (T. Pergler)
T. P.: LibMesh, DealII, PETSc a NETGEN PDF
7. Konečné prvky (O. Souček)
O. S.: Elmer a COMSOL Multiphysics PDF
odkazy: Elmer, COMSOL Multiphysics, diplomová práce J. Kratochvíla PDF
8. Klettersteig Jeptiška v Lužických horách (foto)
9. Slaňování v Řeži (foto)
10. HTML (V. Plicka)
V. P.: struktura souboru, formátování textu, odstavce a nadpisy, odkazy, obrázky, seznamy, tabulky, meta tagy, barvy HTML
odkazy: HTML validátory W3C WDG a jiné
11. Moravské naftové doly v Hodoníně (foto)

Další odkazy

Přehled výpočetních strojů katedry, přehled síťových tiskáren, webmail a antispam

Naposledy aktualizováno: 21. 5. 2014