Parametry SGC

Klastr je sestaven z relativně homogenní změti následujích počítačů:

• Geof20 (2-jádrový, 4GB paměti)
• Geof30 (4-jádrový, 8GB paměti)
• Geof40 (4-jádrový, 8GB paměti)
• ...další snad přibydou

Sofwarové vybavení

• Překladač Intel Fortran 10.0.023 s možností OpenMP
• OpenMPI 1.2.5

Jak na SGC pracovat

• Je samozřejmě potřeba mít účty na všech počítačích, které se chystáte použít.
• Všechny používané počítače musí "vidět" spouštěný program. To by mělo být již zabezpečeno přes nfs.
• Je nutné moci přistupovat z počítače, ze kterého program spouštíte, na ostatní používané počítače bez zadávání hesla. Návod je zde.

• Překlad mpi kódu se začne příkazem

  % mpif90 jméno_programu

  Samozřejmě lze připojit libovolné volby pro Intel Fortran (např. -O3 pro optimalizovaný kód nebo -openmp pokud chcete použít i více vláken na jeden stroj). Zkuste si to na příkladu.

• Kód se spustí příkazem

  % mpirun -x LD_LIBRARY_PATH -np počet_procesů -hostfile jméno_souboru nice -n 10 jméno_programu

  kde jméno_souboru je ten, co obsahuje seznam počítačů, na kterých má úloha běžet.

Praktické rady

• Pustí se příkazem "screen".
• Ukončí se příkazem "exit".
• Opustí se (ale nechá v pozadí běžet) kombinací kláves Ctrl+A+D.
• Do opuštěného screenu se zase vrátí pomocí "screen -r".

Jak nastavit logování bez zadávání hesla (převzato)

Setting up password-less ssh to the networked Linux workstations is done by first generating an authentication key on the host you intend to run the code from:

% ssh-keygen -t rsa

During this procedure you will be prompted for a passphrase - just hit return at that step (which corresponds to having no passphrase). After you have done this you need to ssh the contents of the file "~/.ssh/id_rsa.pub" created by the previous command to one of the networked Linux machines you wish to use. For example, execute:

% cat ~/.ssh/id_rsa.pub | ssh user@machine2 'cat >> .ssh/authorized_keys'

where "user" is your username, and "machine2" is one of the other workstations. If the file "~/.ssh/authorized_keys" doesn't exist, you will need to create it.

You should then try connecting via ssh to each of the workstations you wish to use. The first time you ssh, you will be asked if you want to continue connecting. Type "yes" at this prompt. Subsequent ssh connections should occur without this step (and without requiring a passwords).

Příklad

!
! Ukazka kombinace MPI a MP "Ahoj katedro" ve Fortranu 90
!
program main
    use mpi
    use omp_lib
    implicit none
    integer :: ierr, rank, sizerank, thread,sizethread

    call MPI_INIT(ierr)
    call MPI_COMM_RANK(MPI_COMM_WORLD, rank, ierr)
    call MPI_COMM_SIZE(MPI_COMM_WORLD, sizerank, ierr)

!$OMP PARALLEL PRIVATE(thread,sizethread)

    thread = OMP_GET_THREAD_NUM()
    sizethread = OMP_GET_NUM_THREADS()
    write(*,'(A26,I3,A3,I3,A8,I3,A3,I3)') "Ahoj katedro. Jsem proces ", rank+1, " / ", sizerank, " vlakno ", thread+1," / ",sizethread


!$OMP END PARALLEL

    call MPI_FINALIZE(ierr)

end

František Gallovič